Многие снаряды в игре используются с разными орудиями.
Например: на скриншоте ниже вы видите 85-мм бронебойный снаряд УБР-365К. Он подходит для девяти различных орудий.

Когда вы меняете орудие на своей боевой машине, вы можете отправить его на склад вместе со снарядами.В этом случае у вас на складе образуется некоторое количество снарядов определённого наименования.
Если затем вы покупаете технику с орудием, которое стреляет таким же снарядом, пополнение боекомплекта, в первую очередь, будет происходить со склада. Именно в такой ситуации вам может показаться, что снаряды исчезли, хотя вы ими не пользовались.
Таким образом, если вам кажется, что снаряды пропали, проверьте: не используете ли вы на своей технике орудия, которые стреляют снарядами одного и того же наименования.